Das Haus und die Apotheke in der Pestalozzistrasse 26 in Bern wurden 1922-23 von Apotheker Otto Zimmermann gebaut.

Der Name Friedens-Apotheke wurde an den Namen der Friedens-Kirche angelehnt. Dieser Name soll als Mahnung und Aufruf zum Frieden nach dem 1. Weltkrieg dienen.

1963 wurde die Apotheke von Apotheker Hans Peter Messerli übernommen, der sie bis 2002 führte, um dann in den wohlverdienten Ruhestand zu gehen.

1986 wurde das Gebäude der Friedens-Apotheke vom Denkmalpflegeamt als erhaltenswert eingestuft.

2002 wurde die Friedens-Apotheke an Herrn Messerlis Schwiegersohn, Apotheker Christoph Stattmann übergeben, der sie fünf Jahre führte.

Zur Bündelung der wirtschaftlichen Belange und um als Quartier-Apotheke gegen die Internet- und Grossketten Apotheken bestehen zu können, wurde 2007 das Geschäft von Apotheker Martin Widmer übernommen und war zwei Jahre lang eine Filiale der Brunnmatt Apotheke in der Effingerstrasse.

2010 ist die Friedens-Apotheke, nach Schliessung der Brunnmatt Apotheke, wieder alleinig in der Hand von Herrn Widmer.

2007 wurde die Apotheke sanft renoviert.

Seit Februar 2019 gehört die Friedens-Apotheke zu Domicil.

Im Sommer 2022 übernahm die Apothekerin Simone Bauder die Geschäftsleitung von Matthias Widmer. Dieser hatte zuvor während mehreren Jahren die Friedens-Apotheke geführt.